Este laboratorio cuenta con un sistema de producción de agua destilada y potable para el uso de los equipos del mismo laboratorio, así como tres áreas:

• Calcinación de muestra con temperaturas mayores a 500 oC
• Procesado y preparación de muestras biológicas de sedimento
• Almacenamiento de equipo de campo (medidores del flujo y nivel del agua, computadoras, tanques de buceo, medidor de fotosíntesis, materiales diversos).

Los principales análisis que se realizan en diferentes especies de mangle y selvas, son:

• En sedimento: textura, materia orgánica y densidad aparente, nitrógeno y fosforo total.
• En material biológico: fenología y producción de hojarasca.