El objetivo principal de este laboratorio, es analizar la calidad del agua a través de cromatografía iónica, de diferentes tipos de agua, ya sea: superficial, intersticial o subterránea, tanto de ecosistemas de agua dulce, salobre y marinos. Esto con una alta precisión y reproducibilidad; para ello el laboratorio cuenta con dos cromatógrafos iónicos de alta precisión que miden la concentración de aniones y cationes, así como con un sistema de producción de agua tipo 1, balanza analítica, horno de convección, campana de extracción y congeladores para preservar las muestras. Asímismo, el laboratorio cuenta con un área especial para manejo de reactivos, preparación de curva de calibración y muestras.